為規范總局立法工作，保證立法質量，提高立法效率，組織制定了《立法程序規定》（以下簡稱《規定》），于2013年9月27日經總局局務會議審議通過，10月24日以總局1號令發布。

　　該規定共九章五十條，規定了立項、起草、審查、審議與發布、備案與解釋、評估清理與匯編、規范性文件的審查與清理等。

　　《規定》除進一步細化要求、完善制度、優化程序外，在以下幾個方面進行了重點修改：一是將科學立法和民主立法寫入立法原則，強調要遵循客觀規律、堅持改革創新、提高行政效能、保障法制統一、維護公平正義；二是拓寬公眾參與立法的渠道，保障公眾的知情權和表達合理訴求的權利，公眾可以通過信件、局互聯網留言等多種途徑向總局提出有關立法建議；三是探索建立立法重大決策風險評估和立法后評估制度，對立法草案涉及食品藥品監管體制機制、管理措施有重大調整，或者對人民群眾切身利益、食品藥品產業發展可能產生重大影響的，起草部門應當進行風險評估；四是建立規章和規范性文件定期清理制度，發現有不符合經濟社會發展要求，與上位法相抵觸、不一致，或者相互之間不協調的，要及時修改或者廢止，清理結果要向社會公布。五是強化法制司歸口管理，充分發揮法制機構的組織、協調作用，確保立法工作規范化。